Hanya 12 dari 91 PTS yang berada di bawah Kopertis wilayah 12 yang tersebar di wilayah Propinsi Maluku, Maluku Utara, Papua dan Papua Barat hanya PTS yang memiliki website. Dari 13 % tersebut untuk Propinsi Maluku hanya terdapat 1 PTS yaitu Universitas Darussalam Ambon, Propinsi Maluku Utara 2 PTS, Propinsi Papua 6 PTS dan Prpinsi Papua Barat 3 PTS.
Berikut Adalah Daftar 12 PTS yang memiliki website :
| No | Nama PTS | Website | Global Rank* | Rank in ID* |
| 1 | Universitas Darussalam Ambon | www.unidar.ac.id | 1,535,794 | 99,828 |
| 2 | Universitas Muhammadiyah Maluku Utara | www.ummu.ac.id | 13,722,430 | – |
| 3 | Universitas Halmahera | www.uniera.ac.id | 14,870,824 | – |
| 4 | Universitas Sains Dan Teknologi Jayapura | www.ustj.ac.id | 13,483,258 | – |
| 5 | Universitas Yapis Papua | www.uniyap.ac.id | – | – |
| 6 | Universitas Kristen Papua | www.ukip.ac.id | 17,717,067 | – |
| 7 | Universitas Ottow Geissler Jayapura | www.stieogj.ac.id | – | – |
| 8 | Iisip Yapis Biak | www.iisipyapisbiak.com | 28,270,990 | – |
| 9 | STIKOM Muhamadiyah Jayapura | www.stikomjayapura.ac.id | 9,083,619 | – |
| 10 | Sekolah Tinggi Ilmu Hukum Umel Mandiri | www.stihumelmandiri.ac.id | 21,928,839 | |
| 11 | STKIP Muhammadiyah Sorong | www.stkipmuhammadiyah-sorong.ac.id | – | – |
| 12 | STKIP Kristen Wamena | www.stkipkw.ac.id | – | – |
* Sumber : Alexa Traffic Rank, Tgl : 1 Juni 2011 @ 13.10 WIB
